吴应恂（？—17世纪），字九迪，号旭海，直隶常州府宜兴县人，明朝、南明政治人物。天启元年（1621年），吴应恂中式辛酉科应天乡试第三名举人，为《书经》经魁。崇祯十年（1637年）登丁丑科进士，获授福建同安知县，平息民变，捉拿并斩杀其首林建宇、周家桧。调长沙，在当地釐清户籍，制定粮役，减免刑罚，数句话就能判决案件；又兼摄湘潭，官兵缺粮时运来一千石粮食接济，等到军队溃败，他跟随何腾蛟收复城池。北京沦陷，吴应恂礼遇左良玉兵马，安然调度恬如方国安四万人部队；不久署长沙知府，改任武昌监军，入朝出任户部四川司主事，历官员外郎、郎中，后事不详。