黄配玄（？—1645年），字承文，号位两，江西省抚州府乐安县（今江西省乐安县）人，同进士出身。万历四十三年（1615年）乙卯科举人，崇祯七年（1634年），登甲戌科进士，吏部观政，十月授南直隶望江县知县，八年调任怀宁县知县。此后升任南京兵科给事中。崇祯十四年（1641年），任安庐巡抚。丁内艰去。