朱锡元，字惕庵。浙江山阴县（今属绍兴市）人，明末清初政治人物。明崇祯元年（1628年）戊辰科进士。弘光元年（清顺治元年，1645年）任南直隶宁国府知府，清军南下，朱锡元降清，于五月归城，留任知府，且守城御贼，保全生民。不久解任。