马兆羲（？—17世纪），云南楚雄府楚雄县人，明朝、南明政治人物。马兆羲是崇祯元年（1628年）进士，任职工科给事中，负责巡查厂库，清出盗铸的滥钱四十馀万。宁州土司禄永命争夺袭位，他就请求留下抚臣王育德控制以防变乱。弘光帝继位，改任礼科给事中兼礼部郎中，上疏请改毅宗的庙号；到隆武帝即位，徵召马兆羲入礼科，兼任职方郎中，福京失陷后回乡。永历二年（1648年），孙可望命令他督学云南，擢任为可望行营的户部尚书，转兵部尚书时他不应召；很快就除授礼部右侍郎，主管永历八年的贵州乡试。孙可望失败投降清朝后，马兆羲被降为国子学士，之后后事不详。