吴士元，字来复，号长吉，江西南昌府进贤县人。万历四十三年（1615年）乙卯科江西乡试举人，四十七年（1619年）己未科进士，考选庶吉士，天启元年（1621年）授检讨，充展书官，教习内书堂，三年二月充实录纂修官，五年二月为会试同考官，十一月管理诰敕撰文。崇祯继位，修国史，封晋藩，便道引疾归里。旋起升右春坊右赞善。四年二月，升左春坊左谕德、兼翰林院侍讲、管国子监司业事，迁国子监祭酒，掌南翰林，诏修十三经、二十一史，擢詹事，掌翰林院事。凡明经廷试故事最髦者辄遥授四人，士元谓縻以空名，实锢之也，政府以违例为言，士元力持，竟减往额者二。仕至礼部右侍郎，连疏乞归，卒赠礼部尚书。