吴尚默（1562年—1640年），字以时，别号元垣，直隶徽州府泾县民籍。明朝官员，同进士出身。万历四十四年（1616年）丙辰科进士，初授浙江义乌知县，任浙江同考官，擢山东道御史，出按四川。奢崇明作乱，会督抚合谋剪灭之。寻按广东，控扼海寇，得以无事。崇祯时以疏救钱龙锡谪承天府知府，时流寇大扰，檄练乡兵三千以备守禦。筑堤数十里溉屯田，勤劳九载，量移武昌，升本省右布政卒。