吴兆元（？—1644年），字公策，福建兴化府莆田县（今福建省莆田市）人，明朝末期政治人物、万历进士。万历四十年（1612年）壬子科福建乡试举人，万历四十一年（1613年），联捷进士，授确山县知县，累官至广东韶州府知府，累升至广东参政。崇祯元年（1628年），郡守卓异赐宴者四人，兆元第一。升任江西左布政使。随后降为江西右参议。崇祯三年（1630年），改江西副使、后升任江西按察使。崇祯四年（1631年），改广东右布政使、随后任云南左布政使，上京入觐，军民土司送者至马不得行。崇祯十二年（1639年），任云南巡抚，召见平台，御赐银币，因面陈机宜，奖劳有加。甲申（1644年），闯赋陷阙，兆元痛哭勤王，鞠躬尽瘁，卒于官，临殁无一语及私云。