徐应元，直隶河间府沧州人。万历二十五年（1597年）丁酉科乡试举人，二十六年（1598年）戊戌科进士，授淮安府赣榆县知县，以母忧归。历官户部郎中，出守登州府，升山东临清兵备道副使，天启二年考察以不谨闲住。天启三年以前登莱巡抚陶朗先受贿案被堪，寻被逮问。