万建昆，字季瑜，江西南昌府南昌县东溪人。同进士出身。万廷言长子。万历十七年（1589年）进士，担任湖广荆州府推官。博学多问，治案公正，“老吏皆惮焉”。升礼部主事。因“第一次妖书案”谪戍广西思恩军民府武缘县（今广西壮族自治区武鸣县）典史。