钱允元（1548年—？），字虞佐，号继山，直隶苏州府吴县人，民籍。庚午顺天乡试八十二名，万历十四年（1586年）丙戌科会试六名，登三甲第一百三十二名进士。兵部观政。官至兵部主事。