林鹏飞（1540年—？），字希翰，福建漳州府漳浦县人，民籍。福建乡试第四十九名举人。隆庆五年（1571年）中式辛未科会试第二百十名，三甲第七十九名进士。授吉水县知县。万历十九年（1591年）任广西南宁府知府。