陈祖尧（1540年—？），字师钦，福建兴化府莆田县人，民籍。福建乡试第七十六名举人。隆庆二年（1568年）中式戊辰科会试第二百六十九名，三甲第二百二十二名进士。历官南安府知府，万历十一年（1583年）二月升贵州按察司副使。