刘启元（1527年—？），字乾初，山东东昌府武城县人，军籍。山东乡试第二十七名举人。隆庆二年（1568年）中式戊辰科会试第二百八十二名，三甲第一百九十一名进士。历官户部郎中，万历九年任河南卫辉府知府。