孙以仁（1534年—？），字学元，山东登州卫旗籍直隶苏州府昆山县人。山东乡试第二十名举人。嘉靖四十一年（1562年）中式壬戌科会试第二百六十九名，三甲第二十一名进士。授开封府推官，四十四年十一月选授湖广道试监察御史，隆庆二年（1568年）两淮巡盐，八月都御史庞尚鹏弹劾其侵匿盐银千馀两，被禠职听勘。