吴孔性（1533年—？），字粹卿，浙江处州府遂昌县人，民籍。浙江乡试第八十八名举人。嘉靖四十一年（1562年）中式壬戌科会试第一百九十八名，二甲第七十三名进士。历官安庆府知府。升福建按察司副使，万历八年（1580年）正月升云南布政司右参政，八月因违禁驰驿，被革职闲住。