孙应元（1531年—？），字仁甫，湖广承天卫人，官籍。承天府学生，湖广乡试第五十二名举人。嘉靖四十一年（1562年）中式壬戌科会试第一百八十六名，二甲第六十九名进士。历官兵部职方司郎中，隆庆三年（1569年）十一月升浙江按察司副使，四年四月调任山东，整饬曹州兵备，万历元年（1573年）四月升山西左参政，四年正月升本省按察使，五年正月升为都察院右佥都御史、提督雁门等关巡抚山西。