孙光祖，字子绍，浙江宁波府慈溪县人，民籍，明朝官员。浙江乡试第八十四名举人。嘉靖三十八年（1559年）中式己未科会试第二十二名，三甲第一百八十五名进士。次年任直隶祁门县知县。