史嗣元（1531年—？），字懋宗，浙江绍兴府馀姚县人，民籍。嘉靖三十四年（1555年）乙卯科浙江乡试第十八名举人。嘉靖三十八年（1559年）中式己未科三甲第九十五名进士。历官广东布政使司右参议，隆庆五年（1571年）五月升湖广按察司副使，以考察不及，万历六年（1578年）四月调任四川副使、分巡川东兼理兵备，八年正月升陕西行太仆寺卿，十年二月以回任违限被陕西巡按赫瀛弹劾，令闲住。