林澄源（1536年—？），字仲清，福建兴化府莆田县人，军籍。嘉靖三十七年（1558年）戊午科福建乡试第二十五名。嘉靖三十八年会试第六十五名，登进士第二甲第十名进士。授户部主事，迁员外、郎中，隆庆三年（1569年）正月出为贵州右参议。属水西安酋乱，当事者方议用兵，而澄源以蛮夷叛服靡常，剿孰与抚便。已而兵出，杀伤过当，卒用其言抚之，事遂定。六年闰二月，晋本省按察副使，备兵威清。万历四年（1576年）正月晋右参政，镇威清如故。进士邹元标以论劾张居正贬戍罗施，道经其境，澄源与之盘桓弥日，人或危之，曰：「吾分已定，即缘此得罪，吾固安之。」因名其庵曰「定庵」。六年八月升广西按察使，八年正月入觐，转四川右布政，十二月以违禁驰驿，降三级，遂乞终养归。部使者交章论荐，竟不起。