吴元玉，原名吴非玉，字得莹，号扶昆，福建兴化府莆田县人，军籍。嘉靖二十五年（1546年）丙午科福建乡试第六十名举人。嘉靖三十二年（1553年）中式癸丑科三甲第二百二十六名进士。工部观政，授太常寺博士，升南户部员外郎，卒。