萧奇勋（1525年—？），字懋建，号燕山，福建兴化府莆田县人，民籍。福建乡试第四十五名举人。嘉靖三十二年（1553年）中式癸丑科会试第六十二名，三甲第一百五十九名进士。兵部观政，授江西庐陵知县，起复补浮梁县，升蕲州知州、太仓知州，擢户部主事，升南京户部员外郎。