李应元，字文徵，号古河，河南开封府祥符县人，民籍。河南乡试第六十二名举人。嘉靖三十二年（1553年）中式癸丑科三甲第五十四名进士。通政司观政，授山西长治知县，升户部主事，历官户部郎中。嘉靖四十一年（1562年）升山西太原府知府。