方万有，字如初，号奎山，福建兴化府莆田县人，民籍。嘉靖二十五年（1546年）丙午科福建乡试第三十九名举人。嘉靖三十二年（1553年）中式癸丑科二甲第九十二名进士。改翰林院庶吉士，三十四年十月授工科给事中，降休宁县丞，升徽州府推官、礼部主事。