方瑜，字元忠，直隶徽州府歙县人，民籍。嘉靖七年（1528年）戊子科应天府乡试第五十二名举人。嘉靖二十三年（1544年）中式甲辰科会试第二百十五名，登第二甲第三十六名进士。嘉靖四十一年（1562年）任广西南宁府知府。