查懋昌（1506年—？年），字允言，太医院籍，直隶苏州府长洲县人。嘉靖四年（1525年）顺天府乡试第七十九名，与兄查懋光同榜。嘉靖二十三年（1544年）登甲辰科会试第二百三十九名，二甲二十二名进士。官至工部主事。