章士元（1513年—？），字伯允，号邓山，直隶苏州府昆山县民籍吴县人。应天府乡试第一百十名举人。嘉靖二十三年（1544年）中式甲辰科会试第十三名，登第二甲第七名进士。历官云南临安府知府，擢升湖广按察使副使，历山东按察使，四十一年二月升广东右布政使。