马继祖（1477年—1522年），字崇功，直隶扬州府泰州如皋县人。弘治二年（1489年）中式己酉科应天府乡试第三十名举人。弘治三年（1490年）联捷庚戌科三甲第二十五名进士。翌年，出任山东博兴县知县。弘治十年（1497念），拜南京云南道监察御史。