黄琮，广东潮州府饶平县灶籍，海阳县人，同进士出身。黄琮是万历十年（1582年）壬午科广东乡试举人，万历二十六年（1598年），黄琮考上戊戌科进士，之后先后担任饶州府、临江府知府，三十七年正月出任云南提学副使，四十二年二月出任福建右参政兼佥事，之后又出任福建按察使，四十四年三月出任福建右布政使，分巡福宁道，四十六年四月出任左布政。