沈应旦（16世纪—1645年），字方平，湖州府德清县人，明朝、南明政治人物。沈应旦是天启四年（1624年）甲子科浙江乡试举人，崇祯十三年（1589年）成进士，获授南昌知县，清理积聚案件，又捐出俸禄修葺学校，改变地方风气：时值军务繁扰，他设法缓徵而几乎获罪，人民感激他的义举，争先缴纳徵税。弘光年间左良玉带兵东下，他投下公文在军门前，内容晓以大义，令对方收敛、人民安定；迁任户科给事中，与倪嘉庆、曹景参、郭充、蒋鸣玉、刘天斗、左光明、陈鸣珂同时任命，谈及封疆战事失败的大臣，应该不分死活议罪。南京失陷，他因为母亲逝世、父亲年老归乡，很快去世。