方文耀（？—1644年），字怀怙，福建云霄阳霞人，迁居龙溪县十一都石码登第社。崇祯庚辰进士。官至河间府知府。崇祯十三年（1640年），登庚辰科进士，授户部主事，升员外郎，崇祯十六年（1643年）任直隶河间府知府。李自成大军破城，方文耀不屈被杀。