方舟，字时济，直隶徽州府婺源县人，民籍。应天府乡试第一百二名举人。嘉靖八年（1529年）中式己丑科会试第三百十二名，登第三甲第九十名进士。初授浙江富阳县知县，擢升刑部主事，改南京礼部主事，十五年十一月因张延龄案降二级调外任。后历官宝庆府知府，升都转盐运使。