司马祉（1538年—？），字敬甫，山西平阳府解州夏县儒籍，浙江绍兴府山阴县人，同进士出身。司马温公第十六世孙，与侄子司马晰自浙江归夏县，同登万历元年（1573年）山西乡试举人，司马晰举解元，司马祉中第二十八名举人。万历二年（1574年）甲戌科会试第二百五十八名，三甲一百四十六名进士。授刑部主事，十三年（1585年）升福建邵武府知府，改汉阳府知府，十九年四月升陕西行太仆寺少卿。著有《涑水司马氏源流集略》。