郭应奎，字致祥，江西吉安府泰和县人，民籍。江西乡试第四十名举人。嘉靖八年（1529年）中式己丑科会试第一百五十九名，登第三甲第一百九十一名进士。九年七月选授礼科给事中，十二年四月考察以浮躁降调。后累升工部河道郎中，二十年四月被都给事中韩威等弹劾，被降一级，戴罪督理河工，九月以河道疏通完工复职。二十二年升任嘉兴府知府。