陈九畴，字禹学，山东承宣布政使司兖州府曹州（今山东省菏泽县）人。弘治十四年（1501年）山东乡试第六十九名举人。弘治十五年（1502年）联捷壬戌科二甲第八十七名进士。授刑部主事。正德年间，因忤逆刘瑾，谪砀山县知县。刘瑾被诛，陈九畴官复原职，升刑部郎中、肃州兵备副使。率兵击退番酋速檀满速儿进犯、并逮捕阿剌思罕儿及斩巴思。因兵部尚书王琼厌恶彭泽，陈九畴受牵连被除名。世宗继位，陈九畴再复原职，升任陕西按察使。甘肃总兵官李隆挑唆部卒殴杀巡抚许铭，焚其尸。朝廷以陈九畴接替其职，任都察院右佥都御史，巡抚甘肃，并详查此事。嘉靖三年（1524年），速檀满速儿再次以二万馀骑围肃州。陈九畴率兵从甘州赶赴入城抵禦，进副都御史。土鲁番败遁，在京师散布谣言称肃州之围，由陈九畴激化所为，世宗轻信，下陈九畴诏狱。刑部尚书胡世宁上疏为其讼冤。世宗仍然听桂萼等言，贬其戍边。十年后释放归乡。朝廷追谥忠襄。