孙昌祖（？—17世纪），字鹤林，福州府侯官县人，明朝、南明政治人物。孙昌祖是万历三十八年进士孙昌裔的堂弟，天启四年（1624年）中举人，但因为试卷内写下诋毁魏忠贤的文字，与艾南英、谢于道、程科会三人被罚停三科会试。到崇祯十三年（1640年）才能中进士，获授嘉兴推官，任内号称仁爱明察。南明年间嘉兴失陷，孙昌祖到福京谒见隆武帝，迁任吏科右给事中；后来再到肇庆谒见永历帝，升任礼科都给事中，之后事迹不详。