第二节　两晋南北朝
两晋南北朝三百余年，诸多政权频繁更替，夏口城和城头的黄鹤楼在战争硝烟中时毁时现。晋泰始元年（265），司马炎废魏元帝曹髦，建立西晋。咸宁五年（279），司马炎派二十万大军讨伐东吴，完成一统。但西晋在八王之乱的内耗和北方匈奴的打击下很快覆灭，东晋偏安江东，战乱纷仍。东晋末刘裕趁势突起，逐渐统一南方，于永初元年（420）建立刘宋。只是刘宋政权也不长久，之后萧齐、萧梁、南陈相继而起，直到陈后主祯明三年（589），隋文帝再次统一才结束战乱。
夏口地处冲要，在南北朝时期军事地位依然突出，行政地位也得到提升。宋孝建元年（454），孝武帝为分荆楚之势，从荆州、湘州、豫州、江州四地划出一部分设置郢州，治所设在夏口，夏口因此别称“郢城”。此后齐、梁、陈各政权均将郢州治所定在郢城。在政治动荡、政权更迭的时期，郢城往往戍楼高筑，戒备森严。《南齐书》卷十五就记载：“夏口城据黄鹄矶，世传仙人子安乘黄鹤过此上也，边江峻险，楼橹高危，瞰临沔汉，应接司部。”虽未明确提黄鹤楼之名，但从矶头楼橹和子安故事来看，当指黄鹤楼，且军事瞭望功用依旧鲜明。
黄鹤楼的存亡与郢城安危关系密切。齐中兴元年（501），萧衍在夏口、鲁口屯兵五月，攻克郢城，顺流东下，建立梁朝。战后郢城居民从十万缩减到二三万，可见战争之残酷。但黄鹤楼在这次战争中似乎幸免于难，据《梁书·太祖五王传》和《南史·安成康王秀传》记载，梁武帝天监十三年（514），其异母弟萧秀出任郢州刺史时，还在黄鹤楼下掩埋尸骨：“郢州当途为剧地，百姓贫，至以妇人供役，其弊如此。秀至镇，务安之。主者或求召吏，秀曰：‘不识救弊之术。此州凋残，不可扰也。’于是务存约已，省去游费，百姓安堵，境内晏然。先是，夏口常为兵冲，露骸积骨于黄鹤楼下，秀祭而埋之。”这段历史既印证了齐梁之际战争的残酷，也留下黄鹤楼存世的证明。
之后郢城仍兵火不断。先是梁承圣四年（555），北齐文宣帝高洋发兵南征郢州，夺得郢城后派部将坐镇，梁则调江州刺史锁城反攻，战争僵持半年之久，期间郢城有毁有修。之后北齐与梁和解，郢城归梁。陈霸先在建康即位建立陈朝后，梁郢州刺史王琳将永嘉王萧庄迎回并于陈永定三年（559）在郢城称帝，以与陈霸先抗衡。梁陈之间的争霸由于北周的加入导致郢州战争升级，北周明帝宇文毓于陈天嘉元年（560）趁王琳东下伐陈之际乘虚进攻郢城，攻城不果而纵火焚城，致使郢州城楼几十余处化为灰烬。随着萧庄帝业灰飞烟灭，郢城与江对岸的鲁山先落入陈朝版图，后又成为陈和北周激烈争夺的战场。在这几次大规模争战中，郢城城垣多有损坏，黄鹤楼是存是毁难以考知。
尽管史书对黄鹤楼的记载十分有限，无法清晰勾勒这一时期黄鹤楼的存毁情况，但一些杂史和子部小说依然留下不少黄鹤楼的信息，尤其是民间流传的神仙故事，使黄鹤楼开始披上浓郁的神仙色彩。黄鹤楼之所以有“仙楼”之称，也源于这段历史。
黄鹤楼的早期传说，情节大多与仙人驾鹤有关，最初见载于南北朝时期盛行的志怪小说。祖冲之（429—500）是宋齐之际杰出的天文学家、数学家，因对鬼怪祥妖兴趣浓厚而著有志怪小说《述异记》。该书早佚，鲁迅《古小说钩沉》有所辑录。现传世较广的是梁代任昉的《述异记》。在《述异记》中，黄鹤楼是作为凡人与仙人相遇的场所而出现的：“荀瑰字叔玮，事母孝，好属文及道术，潜栖却粒。尝东游，憩江夏黄鹤楼上。望西南有物飘然降自霄汉，俄顷已至，乃驾鹤之宾也。鹤止户侧，仙者就席，羽衣虹裳，宾主欢对，己而辞去，跨鹤腾空，渺然烟灭。”这里的骑鹤仙人并无名姓。但在同期而稍后的另一部志怪小说《齐谐记》中，驾鹤仙人始有“子安”之名：“黄鹤山者，仙人子安乘黄鹤过此，上有黄鹤楼。”梁代萧子显编撰《南齐书》时便沿用了这一说法。子安其人，早在西汉刘向所撰的《列仙传》中就有著录，传子安游仙离世后，有黄鹤栖其冢边树上呼唤子安。唐人李白诗句“白龙降陵阳，黄鹄呼子安”即指此。驾鹤仙人在后世虽衍生出其他人物，如费祎、吕洞宾等，但仙人驾鹤在黄鹤楼飞升的故事此时已然定型。
南北朝时期黄鹤楼开始流传仙人驾鹤的神仙故事，究其原因，一方面与连年战争给夏口带来的创伤有关，战争会在一定程度上激发凡人成仙的民间信仰；另一方面与当时佛教、道教的盛行有关。加上楚地素有巫风，黄鹤又为祥和之鸟，种种因素结合一起为黄鹤楼的神仙传说提供了沃土。