同治四年(乙丑、一八六五)春正月十五日(辛亥)，谕议政王军机大臣等：『曾元福奏「巨逆洪丛被震毙，全台肃清」一摺，洪丛稔恶倡乱历有年所，现既被震毙，则其馀漏网之徒不难歼灭净尽；著曾元福、丁曰健督饬在事员弁实力搜捕，务绝根株，毋留馀孽。台湾地方虽经肃清，而漳州一带贼氛尚炽，难保不勾结台属匪类乘机煽惑。曾元福现已将抢斗各犯拿获惩办，以定人心；仍著会同丁曰健实力巡查，妥筹防范，毋令漳郡逆匪偷渡勾结。左宗棠、徐宗干务当督饬将弁兵勇迅将漳、龙等处踞逆迅速扫荡，俾免日久蔓延。台湾善后事宜，并著督率曾元福、丁曰健次第筹办；务令事事悉合机宜，以期一劳永逸。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕曾元福、丁曰健知之』。

　　署福建台湾镇总兵官曾元福奏：舟师出洋巡缉，歼盗匪多名。得旨：『著仍饬派出之游绍芳等统带师船认真巡缉，务期搜捕净尽，毋令漳、台逸匪偷窜』。
　　以福建台湾府境肃清，予知县白鸶卿以同知直隶州知州用，与都司傅廷玉等均赏花翎，从九品李守谐蓝翎；馀加衔、升叙有差。
　　　　　　　　　　　　　（－－以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百二十七。）

　　二月十四日(庚辰)，补铸福建台湾镇总兵官印信；从总兵官曾元福请也。
　　　　　　　　　　　　　　　（－－见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百三十。）

　　二十三日(己丑)，以记名按察使王德榜为福建按察使。
　　二十九日(乙未)，谕[议政王军机大臣等]：『丁曰健奏「官军剿灭全股踞逆，并搜捕馀匪妥办善后」一摺，前据曾元福奏：「巨逆洪丛轰毙，全台肃清」；当经谕令曾元福、丁曰健督兵搜捕馀匪，务绝根株。现在洪璠又被获，匪党洪戆古等均就歼戮，是台湾地方业已安定；著曾元福、丁曰健将善后一切事宜妥为筹办，并将逃散零匪悉数搜，以期除恶务尽，永奠民生。漳州贼氛虽挫，尚未就歼，深恐偷渡来台，勾结为患；著曾元福、丁曰健懔遵前旨，实力巡查，妥筹防范，毋稍疏虞。左宗棠、徐宗干务当督饬将弁乘屡胜之威，迅速攻复漳郡，剿灭匪众，俾免日久蔓延。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕曾元福、丁曰健知之』。

　　以福建剿灭彰化内山踞逆，赏守备郑荣巴图鲁名号，知府叶宗元、都司张显贵等花翎，通判王修业等蓝翎；馀升叙、开复有差。
　　　　　　　　　　　　　（－－以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百三十一。）

　　夏四月十一日(乙亥)，谕[议政王军机大臣等]：『传谕署福建台湾镇总兵官曾元福、台湾道丁曰健：丁曰健奏「督军搜拿巨匪，并查办善后、妥筹防海及获嘉义逆首等犯正法」各摺片，台湾彰化内山匪党，前经丁曰健督军剿办，将洪丛等股踞逆悉数歼除，台湾一律安定；现复严督各军分路搜剿，将著名股首庄明得、廖阿螺及洪丛之胞兄洪狗等获，其潜匿坪林山顶之悍贼洪花亦经官军用枪刺毙，其妻李氏身受铳伤，均枭取首级示众；复将草田庄等贼巢攻破，获匪多名，并获罗务等匪党，均先后讯明正法；嘉义匪首严办亦经曾元福派队歼毙，获党多名：剿办尚属认真。著曾元福、丁曰健查明所获要犯洪狗、洪花等是否的系正身？不得稍涉含混，致令漏网潜逃，复生他变。其在逃之要犯陈及零散馀匪，并著督饬地方文武员弁、团勇分路搜拿，以期尽绝根株，永弭后患。一切善后事宜，著一并妥为筹办。据丁曰健奏称「贼党四处逃匿，未便屯兵糜饷」；自应量为裁撤。即著斟酌情形，随时遣撤；仍酌留兵勇，将潜匿之匪实力搜捕，以期净尽。漳州贼匪未平，深恐勾结渡台为入海之计；著曾元福、丁曰健仍遵前旨，于海口要隘妥筹防范，毋令阑入台地。所有斩获嘉义股首严办等出力人员，著曾元

福等查明保奏，毋许冒滥』。
　　以福建台湾全境肃清，赏道员丁曰健布政使衔、总兵官曾元福提督衔。
　　　　　　　　　　　　　（－－以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百三十六。）

　　五月十二日(丙午)，以江苏候补副将富勒浑泰为福州副都统。
　　十八日(壬子)，以福建台湾剿匪出力，赏道员曾云峰、都司李准芳等花翎，千总徐毓恩等蓝翎；馀加衔、升叙、开复有差。
　　予福建台湾阵亡游击叶得茂等三十一员祭葬、世职，绅民兵勇一千三百十九名赏恤如例，一并附祀道员孔昭慈专祠。
　　　　　　　　　　　　　（－－以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百三十九。）

　　六月初十日(癸卯)，以太仆寺少卿丁绍周为福建乡试正考官、国子监祭酒丁境镒为副考官。
　　　　　　　　　　　　　　（－－见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百四十四。）

　　秋七月初三日(乙丑)，暂署两江总督李鸿章奏：「丁忧署福建陆路提督郭松林呈请开缺，回籍终制』。得旨：『郭松林带兵素能得力，在江、浙等省屡著战功。著毋庸开缺，赏假四个月回籍；一俟假满，即前赴江苏军营听候调遣』。
　　　　　　　　　　　　　　（－－见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百四十七。）

　　二十二日(甲申)，谕内阁：『左宗棠奏「特参年力就衰之司道，请旨革职」一摺，福建布政使张铨庆年迈健忘，左宗棠派令周开锡、吴大廷会办通省釐税局务，该藩司于各务一意推诿，于军饷缓急从不过问；钱粮为藩司衙门专责，并不设法催徵，较上届更短解四分之三。团总诬瓯宁县民叶尾婢为土匪，前署瓯宁县知县赵人同未经讯供，即批饬正法；赵人同于署延平府任内经左宗棠撤任查办，案尚未结，而张铨庆复委该员代理建宁府事。该藩司于闰五月因病禀请开缺，用八百里排递；左宗棠以其不知缓急，未即批示。旋于六月具禀起病，实属昏愦糊涂，意存恋栈。督粮道周揆源，年已七十有馀，衰庸充位，于时事漫不经心；擅那前任兴泉永道任内釐项划抵南米，与张铨庆互相辩驳，尤属卑鄙。张铨庆、周揆源均著即行革职，以肃官常。张铨庆尚有经手未完事件，著左宗棠饬令赶紧清釐，再行回籍』。
　　闽浙总督左宗棠奏：『遵查台湾逆匪陈哑狗，实由总兵曾元福生正法；前署提督林文察相距较远，以致奏报歧异』，报闻。又奏：『猎射凹营盘失陷，实因子药、石俱尽，营官熊常富不能设法堵御，致勇丁死亡过半；应请革职拿问』。从之。
　　以福建按察使王德榜为布政使、兴泉永道邓楠为按察使。
　　　　　　　　　　　　　（－－以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百四十九。）

　　九月初八日(庚午)，修福建台湾战船；从巡抚徐宗干之请也。

　　　　　　　　　　　　　　（－－见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百五十三。）

　　冬十一月十一日(壬申)，予福建洋面阵亡游击陈韶舞祭葬、世职。
　　　　　　　　　　　　　　　（－－见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百六十。）

　　十二月初九日(庚子)，谕内阅：『前因左宗棠奏：「闽省鹾纲疲坏，请试行票运一年」；当交户部议奏。嗣经该部以闽盐改行票运，全议更张，恐亏课病民；咨令该督妥筹，期于毫无窒碍。兹据奏称：「自本年闰五月起，试行票运；甫及半年，所收实解之款已抵前次一年半之数。向之疲滞口岸，自试行新章以来，渐有商贩认办；各衙门一切陋规，所裁不下七、八万两，群情翕然。且釐随课出，皆取之买票商贩，并未沿海散抽。数月以来，亦无私枭拒捕之案。从前县澳官帮坐收课费，以充私橐；今则挈向时官吏私攫之款，涓滴归公。至闽盐积欠数百万两，现虽专顾课釐，而旧欠仍未尝不按期催缴。请仍饬部将试改票运行止，速行议覆」等语。览其所奏，于闽省盐纲之积弊及现办票运之可行，实为洞悉原委。总之，盐务为国课大宗，亦为奸胥利薮；惟在得人而理，斯能力挽颓纲。票运之行，虽不能保其必无流弊；倘承办之员均能洁己奉公，不为私计，自足以除从前积重难返之弊，而与为更始。该督既称商情既便、市价无增，无加额之名而有裕课之实，即著照所请，先行试办一年。俟有成效，即行奏明著为定章，以肃鹾政而裕课饷』。

　　　　　　　　　　　　　　（－－见「大清穆宗毅皇帝实录」卷一百六十二。）